Okulumuzun binası 1865 yılında Sultan Abdülaziz tarafından doktoru olan Marko Paşa için yaptırılmıştır.
Eski eserlerde binanın adı Marko Paşa Köşkü olarak geçer. Daha sonra bina Süleyman Şefik Paşa'nın evi olur. 1935 yılında maarif binayı okul olarak kiralar.

Eski tıbbiye mektebi nazırlığında ve ilk açılan ayan meclisinde bulunmuş, dert dinlemekten hususunda adı darbımesel gibi kalmış bir doktordur. 1860'da ser tıbba mektebi nazırlığına geçmiştir. Zarif, zeki, kamil ve işbilir bir adam olarak tanınmıştır. Talebelerin, hekimlerin ve kendisine iş için müracat edenlerin dertlerini uzun uzun dinler veya dinler gibi görünür ve onları tatlılıkla başından savarmış. "derdini marko paşaya anlat" sözü de o günlerden dilimizde kalmıştır.

Kuzguncuk İlkokulu 1927 yılında eski karakol binası yerinde musevi ilkokulunda "Üsküdar 45. Okul" ismi altında açılmıştır. Öğrencileri "Üsküdar 25. Okul "adıyla anılan nakkaş tepe okulundan aktarılmıştır. Okul bir müddet kuzguncuk icadiye caddesindeki alyans ilkokuluna taşınmış sonra aynı binaya yeniden gelmiştir.

1966-1967 öğretim yılına kadar orta ve ilkokul aynı binada eğitim ve öğretim yapmıştır. 1967 yılında ortaokul Beylerbeyi'ne taşınmış. 1993 yılında da ilkokul olarak devam etmiştir. 1993-1994 öğretim yılından itibaren de 8 yıllık uygulama olan ilköğretim okulu statüsüne geçerek çevreye hizmet vermeye devam etmektedir.